En 1.907, dependiendo del llamado Departamento 5, bajo la dirección de un médico y un organismo de asistencia técnica para higiene y epidemiología, se creo la sección de Sanidad y Alimentación del Ministerio de Guerra.
Su misión era el control sanitario de los servicios de alimentación del ejército, la asistencia medico-quirúrgica para el personal de soldados enfermos y heridos, aplicar medidas de higiene o profilaxis en los cuarteles, y ejercer la apreciación médica y medicolegal de la aptitud física del pie de fuerza. Entre 1.911 y 1.914, se creo el primer Hospital Militar Central, en las instalaciones y bajo la infraestructura física, médica, paramédica y administrativa de la que hoy es la
Clinica Marly, habiendo sido esta situación debidamente respaldada por contrato entre el gerente de esta organización y el Ministro de Guerra de la época con la aprobación del entonces Presidente de la República Señor General Rafael Reyes. En este periodo fueron atendidos mas de 1.352 pacientes de los que constituían la Fuerza pública. En ese entonces este centro asistencial jugó un papel importante en la atención de pacientes con situaciones de salud mental. El establecimiento del Hospital Militar de Marly, se oficializó por medio del Decreto 214 de febrero 28 de 1.911, firmado por el Presidente Carlos Restrepo E. y el Ministro de Guerra Mariano Ospina Vásquez, donde se dispuso que el médico director fuera el jefe de la sección de Sanidad del Ministerio de Guerra,
Carlos Putman. Con el correr de los días el Hospital Militar Central de Marly, fue adquiriendo los elementos indispensables tanto en el país como en Europa y los Estados Unidos, empezando a prestar un servicio satisfactorio, tanto a los pacientes operados como en los casos médicos, especialmente en la epidemias de fiebre tifoidea y de tifo exantemático. El 20 de enero de 1.932, mediante Decreto No. 89, se reorganiza y reglamenta la Sección de Sanidad y Alimentación del Ministerio de Guerra donde en su artículo 3 decreta: "Articulo 3. Corresponde a la Sección de Sanidad y Alimentación del Ministerio de Guerra: a. El cuidado de la higiene en el servicio de alimentación del ejército. b. La asistencia médica y quirúrgica de los militares enfermos y heridos. c. La aplicación en el ejército de las medidas generales o especiales de higiene y de profilaxis. d. La apreciación médica y medicolegal del valor físico de los hombres llamados por cualquier causa o examen médico militar y las invalideces resultantes del servicio en el Ejército o concomitante con él. e. La administración y distribución técnica del servicio de sanidad. f. La preparación del personal sanitario para la guerra". En 1.932, mediante Decreto No. 1556 del 27 de Septiembre se creó el Departamento de Sanidad del Ministerio de Guerra, cuyo primer Director fue el Doctor
José Vicente Huertas. Se organizó en dos secciones, una directiva y otra de atención médica, odontológica y suministro de medicamentos. En 1.937, por iniciativa del Doctor Esguerra López, el presidente de la República Alfonso López Pumarejo, y su Ministro de Guerra
Plinio Mendoza Neira, expidieron el Decreto orgánico de la Sanidad Militar; y con el incremento del pie de fuerza del Ejército, la Aviación Militar de Colombia y de la Marina de Guerra, se determinó incrementar el número de secciones del Departamento de Sanidad, creando entonces, la
Dirección General de Sanidad Militar del Ministerio de Guerra, con jefatura y tres servicios especiales de Aviación, Marina e Ingeniería Sanitaria, al mismo tiempo que se creo un cuerpo consultivo.
