- DESPACHO DEL DIRECTOR GENERAL
- Grupo Atención al Usuario y Participación Social
- Grupo de Asuntos Legales
- Grupo Planeación Estratégica
- Grupo de Seguimiento y Evaluación
- Subdirección de Salud
- Grupo Gestión del Riesgo en Salud
- Grupo Aseguramiento en Salud
- Grupo Prestación y Operación de Servicios de Salud
- Grupo de Salud Operacional
- Subdirección Administrativa y Financiera
- Grupo de Gestión Financiera
- Grupo de Talento Humano
- Grupo de Contratación
- Grupo de Apoyo Administrativo
- Subdirección Técnica y de Gestión
- Grupo Gestión de la Afiliación
- Grupo Gestión de la Información
- Grupo Sistema Integral de Información Tecnologías de la Información y Comunicaciones