En 1.937, el gobierno crea un nuevo Hospital Militar Central en Bogotá, dependiente de la Dirección General de Sanidad, en las instalaciones de lo que había sido hasta ese momento el edificio del personal de guardia de la fabrica de municiones en el barrio San Cristóbal, actualmente, la Escuela Logística del Ejército.
En 1.952, se reorganizo la Dirección del Servicio de Sanidad del Comando General de las Fuerzas Militares y del Hospital Militar Central, con una Dirección del servicio, una subdirección y siete consultorios, a los cuales se les adicionó en 1.953 el de la Armada. En 1.953, se dispone la organización del Hospital Militar Central, con una Dirección Técnica y Estadística, y cuatro secciones: médica, quirúrgica, rayos x y laboratorio clínico. En 1.956, entran en vigencia y reglamento de aptitud psicofísica del personal de las Fuerzas Militares, y el reglamento de incapacidades, invalidez e indemnizaciones. El mismo año, se reglamentó la prestación de servicios médicos, quirúrgicos, odontológicos, hospitalarios y farmacéuticos, por el conducto de la Sanidad Militar de las respectivas guarniciones, al personal militar activo, sus esposas e hijos. En 1.958, se descentralizó la Sanidad Militar por disposición ejecutiva No. 243 del 11 de julio, se suprimió la Dirección General del Servicio de Sanidad Militar, y se crean tres Sanidades de Fuerza del Ejército, Armada y Fuerza Aérea, las cuales pasaron a depender de los Comandos de Fuerza en lo administrativo, disciplinario y fiscal. El 25 de abril de 1.962, se inauguró el nuevo Hospital Militar Central, que se estableció como centro médico de estudios para graduados mediante el Decreto No. 486 de 1.961. En 1.975, mediante Decreto 056 del Gobierno Nacional, artículos 5 y 6, se organiza el Sistema Nacional de Salud y crea en forma independiente el Sistema de Salud de las Fuerzas Militares. En 1.990, el Sistema Nacional de Salud se reestructura por medio de la Ley 10, quedando nuevamente excluido el Sistema de Salud de las Fuerzas Militares, con la Ley 100 de 1993, artículo 279, se confirma que el Sistema Integral de Seguridad Social en Salud no se aplica a los miembros de la Fuerzas Militares y de la Policía Nacional, ni al personal regido por el Decreto Ley 1214 de 1990, con excepción de aquel que se vincule a partir de la vigencia de la presente Ley.
